合同章的备案和查询应当在 公安机关进行。具体步骤如下：
需要刻制合同专用章或公章的单位，应当携带上级主管部门出具的刻制证明和单位成立的批准文本，报所在地县级以上人民政府公安机关批准。
刻制单位在将印章刻制完成后，需要将印章向公安机关办理印鉴备案，之后才能启用。
当事人可以通过公安机关进行查询，确认合同专用章是否已经备案。
公安机关提供了印章备案查询的官方网站或公众号、小程序等渠道，可以通过输入印章信息来查询备案情况。
建议：
在刻制合同专用章或公章时，务必按照相关规定进行备案，以确保印章的合法性和有效性。
在需要使用合同专用章时，先通过公安机关查询确认其备案情况，以避免因印章未备案而产生的法律风险。
