公司有扣社保的原因主要包括以下几点：
进厂扣社保是员工入职时，雇主必须按照国家规定的标准从员工工资中扣除一定比例的社会保险费用，包括养老保险、医疗保险、失业保险和工伤保险等。这是法律规定的义务，旨在保障员工的社会保险权益。
社保是国家推行的社会保障制度的重要组成部分，通过进厂扣社保的方式，能够提高社保覆盖率，确保员工在工作期间能够享受到相关的社保待遇和保障。
缴纳五险一金需要大量资金，一些用人单位可能会出于节约成本的考虑而不为员工缴纳五险一金。
有些员工在面对低工资加保险和高工资的选择时，可能会选择高工资而放弃保险，因此用人单位也会出于这方面的考虑不缴纳五险一金。
公司发工资日期可能是本月发上月，如果新入职员工是上月入职，则本月扣费需要扣缴上月和本月的社保费用。
有时候由于系统延迟或查询工具的问题，员工可能在网上查不到社保费用扣除的记录。
尽管公司扣除了社保费用，但由于某些原因可能会出现未能即时缴纳的情况。
综上所述，公司扣社保是遵循法律规定和社保制度的行为，旨在保障员工的合法权益。同时，员工也应提高法律意识，确保自己的社保权益得到保障。如果对社保扣除有疑问，建议咨询相关部门或专业人士。
