自来水税率为3%的原因主要与 增值税的征收方式有关。以下是具体原因分析：
自来水厂（生产企业）销售自产的自来水，可以选择按照简易计税办法，即适用3%的征收率交增值税。
自来水公司（非生产企业）销售自来水，也必须选择3%的简易征收率。
自来水厂的水主要来源是开采或天上下雨得到的，无法取得进项税，因此采用简易办法计税，销售时按照3%征收率缴纳增值税。
自来水公司从自来水厂购买的自来水也无法抵扣进项税，所以销售时同样适用3%的简易征收率。
属于一般纳税人的自来水厂主要是生产自来水的，销售时可以选择（不是强制性）简易计税办法按3%计算增值税，也可以选择一般计税方法按照9%计算增值税。
属于一般纳税人的自来水公司销售自来水（外购的），按简易办法依照3%征收率征收增值税（必须选择），不得抵扣其购进自来水取得增值税扣除凭证上注明的增值税税款。
简易计税方法可以降低企业的税负，因为自来水厂和自来水公司无法取得足够的进项税来抵扣销项税。
增值税由最终消费者负担，简易计税可以降低居民用水成本。
综上所述，自来水税率为3%主要是基于增值税的简易计税办法，以及考虑到自来水厂和自来水公司无法取得足够进项税的实际情况下，选择3%的征收率可以减轻其税负，并且最终由消费者承担这部分税负。
